Il 27 novembre 1567 vennero nominati i primi quattro alunni del Collegio Ghislieri. Di lì a poco papa Pio V promulgò la bolla in cui fondava formalmente il Collegio, per giovani di modeste possibilità economiche ma dotati di ingegno, e successivamente destinava al Collegio un vasto patrimonio fondiario, così da garantirgli l’indipendenza economica che dura tuttora.

Il Collegio venne inoltre subito dotato di una biblioteca di trecentocinquanta volumi, fatti appositamente giungere da Venezia, allora centro editoriale di rilevanza mondiale. Ancora oggi la Biblioteca del Collegio Ghislieri, coi suoi oltre 130.000 volumi, costituisce una delle più imponenti collezioni librarie esistenti in tutta Europa.

Nel 1723 fece ingresso in Ghislieri il suo Alunno più celebre, Carlo Goldoni.

Dal 1771 il patronato del Collegio venne legato a un’autorità statale, passando da quello della famiglia Ghislieri a quello dell’Imperatrice Maria Teresa d’Austria. Fu riconosciuto in questo modo al Ghislieri il ruolo di fucina per la formazione della classe dirigente. Il Collegio Ghislieri è tuttora sotto l’Alto Patronato del Presidente della Repubblica.

L’arrivo delle truppe napoleoniche, nel 1796, non fermò l’attività del Collegio. Quelli a cavallo fra XVIII e XIX secolo furono anni di fervore e cambiamento: a ridosso del passaggio di Napoleone si colloca infatti il Rettorato di Giovanni Rasori, professore di patologia e primo laico a ricoprire l’incarico di Rettore. 

Il Ghislieri fu trasformato in scuola militare dal 1805 al 1816, tornando collegio nel 1818 sotto l’egida degli Asburgo, sempre allo scopo di accogliere gratuitamente studenti meritevoli ma di limitate fortune che intendessero frequentare l’Università di Pavia. Venne comunque mantenuta una fondamentale innovazione napoleonica, tuttora in vigore: la presenza di un Consiglio di Amministrazione autonomo.

Nel corso dell’Ottocento il Ghislieri ospitò fra i suoi Alunni alcune delle più innovative personalità della futura Italia unita: fra loro Giuseppe Zanardelli, futuro Primo Ministro, e Cesare Correnti, futuro Ministro dell’Istruzione. È una testimonianza non solo del fervore degli ideali risorgimentali fra le mura del Collegio, ma anche e soprattutto del fatto che, in Ghislieri, le idee degli studenti trovano da sempre terreno fertile.

Non a caso, nel novembre 1859, il Ghislieri venne subito visitato dal suo nuovo patrono, il Re Vittorio Emanuele II. Nel 1861, portata a compimento l’unità d’Italia, venne approvato un decreto per regolare l’ingresso in Collegio: da allora i posti di Alunno vengono conferiti mediante un esame d’ammissione.

Per la prima volta in Italia venne sancito il principio di merito negli studi così come ancora oggi lo conosciamo; venne inoltre stabilito che ai Ghisleriani che si distinguono particolarmente possano essere conferite borse di studio o di perfezionamento in patria o all’estero. Tuttora il Ghislieri finanzia specifici progetti degli studenti e consente loro di trascorrere periodi in prestigiose università e college di tutto il mondo grazie a una fitta rete di borse di scambio e alla presenza di uno specifico fondo per l’internazionalizzazione.

A cavallo fra XIX e XX secolo, il Ghislieri operò un ammodernamento della struttura e dei servizi che, pur senza tradire la propria monumentale anima cinquecentesca, lo trasformarono rendendolo un unicum nell’Italia dell’epoca.

L’attività del Collegio si interruppe solo negli anni della Prima Guerra Mondiale, quando venne trasformato in ospedale militare. In quell’epoca travagliata iniziò il Rettorato dello studioso di diritto romano Pietro Ciapessoni, che conserverà il titolo fino al 1943. Durante gli anni del Fascismo, Ciapessoni salvaguardò l’indipendenza del Collegio, garantendo di fatto libertà agli studenti, e indirizzò l’operato del Ghislieri alla formazione dei propri Alunni come accademici e professionisti di valore, apprezzati entro e fuori i confini dell’Italia. Ciapessoni fu inoltre il primo Rettore a essere stato Alunno del Collegio, secondo una consuetudine che dura ancora oggi.

Le basi per ulteriori sviluppi del Collegio furono poste nella breve ma significativa esperienza del Rettore Teresio Olivelli, deportato nel 1943 e ucciso nel lager di Hersbruck nel 1945. A una sua idea fu ispirata, subito dopo la Seconda Guerra Mondiale, l’istituzione della Associazione Alunni del Collegio Ghislieri, cui possono aderire i laureati che abbiano studiato fra le mura ghisleriane. L’Associazione è tuttora la maggiore promotrice del senso di appartenenza, collaborazione e solidarietà tra Alunni appartenenti a tutte le generazioni.

Nel dopoguerra il Collegio venne guidato da Aurelio Bernardi, studioso di storia romana e Rettore fino al 1979. Durante il suo Rettorato, nel 1966, venne realizzata l’apertura di una sezione femminile. Il Ghislieri diventò così il primo collegio universitario misto in Italia e uno fra i primissimi in Europa. Il progetto, prospettato già da inizio Novecento, fu concretizzato grazie alla benefattrice Sandra Bruni, che diede vita alla Fondazione intitolata al suo nome, incorporata nel 2019 dalla Fondazione Ghislieri.

Sotto il Rettorato di Andrea Belvedere, Professore Emerito di Diritto Civile all’Università di Pavia,gli ultimi anni hanno visto una costante crescita delle attività e delle iniziative culturali proposte e offerte dal Collegio, nonché delle sue strutture e dei suoi servizi.

È stato portato a termine un corposo piano di costruzione, ampliamento e valorizzazione edilizia. A partire dagli anni ’80 è stato promossa e finanziata la costruzione della moderna struttura di Ca’ della Paglia, nata come residenza per alunni laureati e oggi Collegio di merito aperto principalmente a dottorandi di ricerca, studenti internazionali e specializzandi.

A cavallo tra gli anni ’90 e i primi anni Duemila, il Ghislieri si è assunto l’onere della trasformazione in Aula Magna della chiesa sconsacrata presente nella piazza antistante il Collegio, San Francesco da Paola. L’Aula Magna viene utilizzata per grandi eventi, concerti e convegni sia dalla Fondazione Ghislieri sia da enti che ne richiedono l’utilizzo. Allo stesso modo il Ghislieri si è fatto carico del restauro del sontuoso complesso architettonico del Castello di Lardirago, splendido edificio del XIV secolo a metà strada fra Pavia e Milano, ora attrezzato per mostre, esposizioni e manifestazioni.

Nel 2003 è stato inoltre fondato il Centro per la Comunicazione e per la Ricerca, ora divenuto Centro Ricerca e Didattica Universitaria, che organizza corsi e attività seminariali di alta formazione e finanzia la ricerca, soprattutto in ambito biomedico, attraverso l’erogazione di borse di studio e assegni.

Infine, nella prospettiva di dare impulso anche all’attività musicale che già caratterizzava il Coro Universitario del Collegio, nel 2006 è stata sostenuta la nascita dell’Associazione Ghislierimusica, da cui è sorto nel 2018 il Centro di Musica Antica della Fondazione Ghislieri, per lo studio, la produzione e la diffusione di musica storicamente informata.

Un’approfondita ricostruzione della storia del Collegio Ghislieri si trova nel volume Ghislieri450. Un laboratorio d’intelligenze, a cura di Arianna Arisi Rota (Einaudi, 2017).